Die Stadtklinik Werdohl wird von den Mitarbeitern der Zentralabteilung für Krankenhaushygiene der Märkischen Kliniken GmbH betreut. Diese Betreuung umfasst die Beratung und Begleitung bei allen Fragen im Zusammenhang "Maßnahmen der Hygiene". 

Zu den Leistungen gehören u.a. die Durchführungen von Begehungen in sämtlichen Abteilungen der Stadtklinik. Grundlage hierfür sind die entsprechenden Empfehlungen des Robert-Koch-Instituts zur Infektionsverhütung im stationären Bereich. Ein weiterer wesentlicher Inhalt der Betreuung ist die Überprüfung hygienerelevanter Medizintechnik, wie z.B. Sterilisatoren, Desinfektionsautomaten, Endoskope, raumlufttechnischen Anlagen. Hinzu kommen die Untersuchungen von Trinkwasser auf Legionellen.

Für die Mitarbeiter der Stadtklinik Werdohl wurden abteilungsspezifische Desinfektionspläne und ein Gesamthygieneplan erstellt. Diese werden entsprechend den aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnissen, angepaßt. Außerdem werden Schulungen über Maßnahmen der Infektionsprävention durchgeführt.